Abbasid-dynastiet, der havde hersket i det muslimske rige i flere århundreder, begyndte at miste sin magt i 1200-tallet. Riget, der engang strakte sig over store dele af verden, blev gradvist svagere på grund af interne stridigheder, økonomiske problemer og tabet af kontrol over provinserne. Bagdad, som engang var verdens mest strålende by, mistede sin storhed.
I år 1258 blev Abbasid-dynastiet endeligt knust af en frygtindgydende fjende: mongolerne. Mongolerne, ledet af Hulagu Khan, et barnebarn af den berømte mongolske leder Djengis Khan, belejrede Bagdad. Byen, som engang var et center for viden og kultur, blev erobret og ødelagt på brutal vis. Mongolerne dræbte kaliffen, Al-Musta’sim, og tusindvis af byens indbyggere. De brændte også de store biblioteker og videnscentre, herunder det berømte Visdommens Hus (Bayt Ul Hikma), hvilket førte til et stort tab af viden og kultur. Dette markerede afslutningen på Abbasid-dynastiets dominans og starten på en af de mørkeste perioder i muslimerne historie.
Efter mongolernes invasion blev Mesopotamien (det nuværende Irak) et splittet område, kontrolleret af forskellige krigsherrer og dynastier. Mongolerne dannede et mongolsk rige, der styrede store dele af Mellemøsten i en periode, men deres greb om regionen svækkedes efterhånden. Området blev et skueplads for mange magtkampe mellem lokale herskere, mongoler og andre invaderende styrker.
I de følgende århundreder forblev Irak et område præget af uro og konflikter. Det var først i 1500-tallet, at et nyt imperium begyndte at sætte sit præg på regionen: osmannerne. I 1534 erobrede den osmanniske sultan Suleiman den Prægtige Irak og gjorde det til en del af det osmanniske rige. Osmannernes erobring af Irak markerede begyndelsen på en ny æra i regionens historie, hvor Mesopotamien igen blev en vigtig del af et stort imperium. Osmannerne styrede Irak i flere hundrede år, og deres indflydelse kan stadig ses i regionen i dag.
